Siete años antes de los eventos de FINAL FANTASY VII, la Compañía Shinra gobierna desde Midgar, la ciudad de Mako, ejerciendo un enorme nivel de influencia y poder militar.
La historia sigue al SOLDADO de segunda clase Zack Fair, un miembro de un grupo de agentes de élite dentro de Shinra con poderosas habilidades de combate. Zack, junto con sus superiores Angeal y Sephiroth, es enviado en una misión para investigar la desaparición masiva de sus compañeros operativos SOLDADO.
Lo que descubre cambiará su vida, y la vida de quienes lo rodean, para siempre.